Ketika berada di hutan-hutan Sumatera Barat dan Sumatera Utara, Mr. Assaat sudah merasa dirinya sering diserang sakit. Dia ditangkap, dalam keadaan lemah dan menjalani "hidup" di dalam penjara "Demokrasi Terpimpin" selama 4 tahun 1962-1966. Ia baru keluar dari tahanan di Jakarta, setelah munculnya Orde Baru.

Pada tarikh 16 Jun 1976, Mr. Assaat meninggal di rumahnya yang sederhana di Warung Jati, Jakarta Selatan. Mr. Assaat gelaran Datuk Mudo dihantar oleh teman-teman seperjuangannya, sahabat, sahabat handai dan semua keluarganya. Dia dihormati oleh negara dengan kebesaran tentera.